可惜好最不長，萬曆十年(1582年)張居正死後，反對改革的官僚紛紛起來攻擊、誣陷張居正。朱翊鈞下詔追奪張居正的封號和諡號，還查抄張 家。改革被廢止，朝廷又一天天地走向沒落。朱翊鈞是一個盡情享樂的皇帝。他成年親政後，卻不常視朝，深居內宮。不僅在世時要享受，還想到死後的安樂，早早 籌劃自己陵寢，建造定陵耗時達6年之久。他還有一個不擇手段親自斂聚錢財的惡習，提倡官吏向他進奉，把進奉財物的多少作為衡量官吏是否效忠皇上的標淮。為 了在全國范由內聚斂民財，他派出大批宦官，分赴各地充當礦監、稅使，肆意搜括民脂民膏。這使得人心洶洶，民變紛起，社會越發動盪不安。
統治階級內部更加矛盾重重。由於他不理朝政，大臣的奏章，他的諭旨，全靠內侍傳達。冊立太子的大事久拖不決，導致官僚集團各派之間互相火併， 黨爭也愈演愈烈。東林黨人與邪黨的鬥爭水火不容，持續了很久，明王朝到了崩潰的邊緣。萬曆四十八年(1620年)，朱翊鈞在內外交困、風雨飄搖中死去，終 年58歲。葬於定陵，廟號為神宗。
《明史》神宗的本紀結尾言：明之亡，實亡於神宗。這個明朝享國時間最長的皇帝，廟號神宗，實為寓貶於褒，是說他神龍見首不見尾，隱居深宮數十年，不見朝 臣，不理朝政，致使到萬曆末年，國家的官吏已經缺了一半。他又是個死要錢的皇帝，放出太監四處擾民搜刮（如開礦事），民間連養隻雞也要繳稅。
對這樣一個皇帝，實在沒什麼好說的，說明朝亡在他手上，崇禎來背了黑鍋並不過分，且看神宗的本紀，到了萬曆30年之後，年年不是“日有食之”就是 “京師地震”，或者乾旱或者水澇。其中萬曆31年農曆5月“鳳陽大雨雹，毀皇陵殿脊”，到32年“雷火焚長陵明樓”，“昌平大水，壞長、泰、康、昭四陵石 梁” ，即使不信天象示警這些的，看了也真是令人觸目驚心，彷彿明朝先靈不安，亡國之兆已現。
大家想必都看了萬曆十五年，知道萬曆帝本來是有勵精圖治之決心的，除了從小敬畏的張居正並不那麼居正帶來的打擊之外，使萬曆消極怠工的主要因素還 是國本之爭。這實在是令人嘆息的一件事情。曾子《大學》雲“修身齊家治國平天下”，論的正是帝王之道。家不能齊，必然禍起蕭牆。萬曆朝實在是一個家庭悲劇 和性格的悲劇。不過用老夫子們的話說，那也是氣數使然了。
首先大臣們太過於食古不化，王宮人和皇長子並不是有強有力的外戚作為支撐，立皇長子並不是於他們有什麼好處，偏是大臣們死抱著“立長不立幼”的古 訓，和皇帝力爭。本來，臣子們有一定分量的話語權，哪怕被當廷杖死，也要據理力爭一向是政治清明的象徵。有明一朝，大臣因直諫被杖死，庾死的不計其數，然 而白髮蒼蒼的大臣們，不怕被當廷扒下褲子，屁股開花，也要前赴後繼的上疏。是出於長期文化積累的對於敢於直諫即為忠臣這個符號的認可，死諫可青史留名，也 是氣節所在，也可以裁抑君權，用在軍國大事上，本是好事。可悲的是，作為知識分子的精英的滿朝大臣，把精力耗費在這樣無意義的事情上。孰賢孰愚，孩子小， 能看出什麼來，偏偏大臣認准了死理。從“滿朝文武泣於文華殿請立儲”這樣的描述裡，我聞到了儒家文化腐爛發臭的氣息。
如果是萬曆的爺爺嘉靖皇帝，事情也好辦得多。這祖孫倆，是明朝享國在位時間第一和第二的一對兒（明朝偏是昏庸的皇帝在位長，仁宣和孝宗在位不過十 數年而已,這一點和清朝正好相反），對待大臣，走的卻是兩條完全不同的路子，然而並不是偶然，甚至是必然的，所謂一盈一虧，矯枉過正。
