馬蕭當選反映出的意義，概有如下數端：
　
　      一、鞏固了台灣民主：政治學大師杭廷頓有「兩次政黨輪替檢定」才能鞏固民主政治的主張，杭氏認為：第一次政黨輪替，新政府在享有權力後，常常做出違背民主之事，為了落實民主，必須經過第二次政黨輪替。他的說法，在台灣獲得實證。
　
　         第一次政黨輪替，民進黨取代國民黨，但民進黨擁有政權期間，濫用權力，且為鞏固權力，做出許多違背民主之事，致使民主倒退，全民受害。馬英九獲勝，是為「二次政黨輪替」，從此政黨輪替成為常態，意味台灣民主政治基礎更加深厚。
　
　      二、落實責任政治：今年一月國民黨獲得立院三分之二席次後，謝長廷和民進黨即以「一黨獨霸」、「制衡國民黨」為競選重要訴求，投票前夕，更有李登輝、李遠哲隨從其說法，公開呼籲票投謝長廷。馬英九當選，反映多數人民並不認同這個說法。
　
　      人民願意將立法權和行政權都交給國民黨，讓國民黨「完全執政」，肯定了責任政治的價值，也是人民對民進黨政府八年來施政績效不彰，有著深切的不滿。國民黨「完全執政」後，「朝小野大」的亂象自然消失，政府推動政策便有了效率；人民賦予國民黨更大權力，「完全執政」的國民黨就必須負起「完全責任」，再無可推託。
　
　      三、肯定經濟發展的重要性：民進黨執政搞垮台灣經濟，已為全民共識，馬蕭以發展經濟為選戰主軸，並推出多面向的經濟白皮書，獲得了人民認同。其間謝陣營透過負面選舉策略將「兩岸共同市場」污名化、妖魔化，雖使謝長廷在少數地區產生加分效果，但這種反向操作手段，終被多數人民在期盼經濟復甦的心情下否決。
　
　         這次選舉，大陸台商回來投票十分踴躍，多數公營事業工會、民間企業領袖公開支持馬蕭，印證發展經濟確為台灣當務之急，馬蕭的經濟政策結合了民意，反映了民瘼，可視為獲勝的重要因素。
　
　      四、擴大「台灣人」的意涵：選戰之初，許多人認為馬英九的「外省籍」身分不啻是「罩門」，民進黨舖天蓋地操作族群，並擴大渲染，指凡支持馬英九者都不是「台灣人」，甚至「不是人」。選舉結果證明，多數人民認為住在這塊土地上的人，包括馬英九在內都是台灣人。
　
　         和省籍牌相依附的「統獨牌」，同樣證明失效，馬英九主張「不統、不獨、不武」，證實為主流民意。統獨和省籍的藩籬在人民的選票下倒下，台灣和諧指日可待。
　
　         馬英九、蕭萬長得票數，較諸立委選舉國民黨總得票數有過之，說明人民要給扁政府教訓的意志從未動搖，無異告訴政治人物，靠抹黑取勝的時代已經結束，進而將會引導台灣民主走向正途。對民進黨而言，如能記取敗選的教訓，就應從深綠路線和陳水扁路線脫身而出，扮好在野黨角色，東山再起的機會方能永遠存在。

     馬英九、蕭萬長確定以得票超過7百萬張，超過58%的得票率當選。國民黨榮譽主席連戰在馬蕭總部發表談話時說，“選舉的結果，真正的給我們帶來了一個不一樣的明天，一個和諧融洽的社會，大家都是一家人，不再有任何的對立、仇恨。”

　　連戰強調，選舉的結果，是大家共同努力，馬英九是一個位非常有誠信的君子，他也會兌現他的競選承諾，做一位“謙虛、廉潔、全民”的領導人，希望所有的公職人員一起努力、支持新任領導人。

給準總統馬英九先生的幾點建議

      一、請考慮就職前訪問中國大陸的可能性：與大陸新一屆領導集體建立互信，為兩岸關系定調，并把您本人介紹給大陸人民、溫暖兩岸民心。我相信即使您僅以中國國民黨黨員身份，中共總書記胡錦濤也會以最高規格歡迎您。

      二、在西藏問題上，您基于選舉需要、依據錯誤的媒體資訊，完全錯怪了大陸。請盡快透過國共既有溝通管道消除您的選舉語言對溫家寶總理過度批評的負面影響，取得溫家寶的諒解，為未來互動營造良好氣氛。

      三、在臺灣內部公開發言時，適度強調『中華民國』，讓『中華民國』重新成為臺灣的主流詞匯，取代『臺灣』，逐步消除『正名』的負面影響。

      四、臺灣與大陸直航、開放旅游以及金融、經貿等領域更緊密合作，對香港是不利的，請特別注意來自香港特區政府或明或暗的反彈，多與香港特區政府溝通，在其它方面補償香港，以求得兩岸三地的平衡。